En febrero de 1990 se celebraron elecciones generales bajo la supervisión de observadores internacionales. La coalición antisandinista apoyada por Estados Unidos, la Unión Nacional Opositora (UNO), ganó la mayoría en la Asamblea Nacional y Violeta Barrios de Chamorro, viuda de Pedro Joaquín Chamorro, fue elegida presidenta, sustituyendo a Daniel Ortega.
Violeta Barrios inició un programa de reconstrucción que estableció la desmovilización de los rebeldes de la contra, la reducción gradual del número de tropas del Ejército y la reforma monetaria. El alto índice de inflación descendió, pero el crecimiento económico permaneció estancado y el desempleo aumentó. En 1991 Violeta Chamorro nombró a Humberto Ortega, hermano de Daniel Ortega y destacado dirigente sandinista, jefe de las Fuerzas Armadas, que logró el descontento de los que apoyaban a la contra.
La crisis estalló en 1993, cuando las fuerzas de la contra secuestraron a 38 personas para forzar la renuncia de Humberto Ortega. Los aliados sandinistas respondieron con el secuestro del vicepresidente del país y de otras 32 personas. Todos los rehenes fueron liberados en agosto de 1993 y Humberto Ortega abandonó finalmente su cargo en febrero de 1995.
En octubre de 1996 Nicaragua celebró nuevas elecciones presidenciales, en las que Arnoldo Alemán, candidato apoyado por los sectores aglutinados anteriormente en la UNO, venció al dirigente del FSLN, Daniel Ortega. En enero de 1997, Alemán tomó posesión de su cargo de presidente. En noviembre de 2001, el pueblo nicaragüense es convocado nuevamente a elecciones y con una participación histórica (alrededor del 90%) fue electo Presidente el aspirante del gobernante Partido Liberal Constitucionalista (PLC) Ing. Enrique Bolaños Geyer, quien había ocupado el cargo de Vicepresidente durante la administración del doctor Arnoldo Alemán Lacayo.